用(use)戶簡介：

 

哈爾濱師範大(big)學坐落于(At)素有“冰城夏都”美譽的(of)曆史文化名城哈爾濱，是(yes)黑龍江省教育、藝術、人(people)文社會科學和(and)自然科學的(of)重要(want)人(people)才培養基地(land)和(and)科學研究基地(land)，是(yes)黑龍江省屬重點建設的(of)高水平大(big)學，是(yes)教育部本科教學工作(do)水平評估優秀學校。學校是(yes)國家“中西部高校基礎能力建設工程”高校，是(yes)“十三五”時(hour)期國家重點支持建設的(of)百所中西部本科院校之一(one)。　

 

學校成立于(At)1951年，其前身是(yes)1946年我(I)黨在(exist)東北解放區建立的(of)松江省立行知師範學校，經曆了(Got it)哈爾濱師範專科學校（1951——1956）、哈爾濱師範學院（1956——1980）時(hour)期，1980年更名爲(for)哈爾濱師範大(big)學。2000年呼蘭師範專科學校、黑龍江農墾師範專科學校并入，2002年黑龍江省物資學校（黑龍江省物資職工大(big)學）并入，組建成新的(of)哈爾濱師範大(big)學。

 

 

 

應用(use)場景-用(use)于(At)分子動力學模拟：

 

大(big)自然并不(No)友善”---在(exist)紀錄世界各地(land)瘟疫爆發過程的(of)《逼近的(of)瘟疫》一(one)書中曾這(this)樣提過。埃博拉、HIV、沙拉……這(this)些病毒我(I)們(them)曾談之色變，地(land)球在(exist)孕育生(born)命的(of)同時(hour)，危險也在(exist)悄悄潛伏，人(people)類需要(want)在(exist)病毒面前盡快找出(out)可以(by)攻克的(of)藥物。分子動力學模拟被廣泛的(of)應用(use)在(exist)現代藥物開發設計中，常被稱爲(for)人(people)類戰勝病毒的(of)“武器”。

 

想要(want)了(Got it)解生(born)命活動過程并進行針對性的(of)藥物設計，僅僅知道病毒的(of)基因序列是(yes)不(No)夠的(of)，折疊成三維立體構像的(of)活性蛋白質及相關複合物才是(yes)關鍵，通過研究和(and)分析相關蛋白質，找到(arrive)可以(by)和(and)藥物分子有特異性相互作(do)用(use)的(of)靶點，才能最終成功開發出(out)可以(by)治療這(this)項疾病的(of)藥物。

 

分子動力學模拟可以(by)通過計算原子之間的(of)相互作(do)用(use)，求解牛頓方程，來(Come)模拟體系中原子和(and)分子的(of)運動，它所産生(born)的(of)豐富構像是(yes)解釋生(born)命活動現象、設計藥物分子所不(No)可或缺的(of)重要(want)手段。

 

分子動力學模拟對高性能計算的(of)需求：

 

在(exist)分子動力學模拟中，一(one)般需要(want)模拟微秒級或毫秒級的(of)病毒或腫瘤蛋白折疊過程才能積累到(arrive)足夠的(of)樣本量，因此必須要(want)用(use)到(arrive)高性能計算來(Come)進行分子動力學模拟。但是(yes)，計算過程中各節點間的(of)通訊、負責均衡等問題都會對高性能計算在(exist)分子動力學模拟中的(of)應用(use)産生(born)影響。

 

 

 

 

天翺解決方案： 

計算節點選擇天翺RS272-H8，RS272-H8是(yes)天翺公司推出(out)的(of)一(one)款支持AMD最新Rome多核處理器超算産品，支持AMD EPYC™ 7002 Series系列CPU。
計算節點采用(use)雙路EPYC  7742處理器，256G DDR4 2933内存， 處理器擁有強勁的(of)128核256線程處理能力，支持DDR4 3200 MHz Registered ECC内存，最高可支持4TB内存。

管理節點采用(use)RS272-S8服務器，RS272-S8采用(use)雙路AMD EPYC™ 7002 Series系列處理器，最多可以(by)支持4TB内存，熱插拔硬盤。考慮到(arrive)節點數據存取比較頻繁的(of)特點，内存擴展爲(for)128G，硬盤擴展爲(for)多塊熱插拔SSD硬盤，組成陣列。管理節點同時(hour)也是(yes)用(use)戶登陸節點。網絡方面，采用(use)雙網模式。計算網用(use)于(At)并行計算時(hour)的(of)數據交換和(and)計算通訊，無論是(yes)通信次數還是(yes)通信量都很大(big)，對網絡的(of)延遲和(and)帶寬都有較高的(of)要(want)求。針對這(this)一(one)特點我(I)們(them)采用(use)Infiniband網絡作(do)爲(for)計算網絡，Infiniband技術是(yes)采用(use)RDMA傳輸機制實現了(Got it)低遲，高帶寬的(of)新型網絡标準，在(exist)數據存儲節點中加入infiniband和(and)計算節點管理節點進行互聯，滿足應用(use)的(of)需要(want)。而管理節點主要(want)是(yes)進行一(one)些必要(want)的(of)計算節點;數據存儲系統管理、監控、登入等管理，同時(hour)又作(do)爲(for)數據傳輸網絡的(of)備份，對網絡性能的(of)要(want)求不(No)高，千兆網絡即可滿足。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

  

 

天翺 RS272-H8 高性能計算來(Come)進行分子動力學模拟方式的(of)同時(hour)，顯著高性能計算模拟能力，可支持教學機構對教學質量進行高效分析，促進教學改進以(by)及優化教學内容， 更适用(use)于(At)各種虛拟化解決方案、大(big)數據分析、以(by)及其他(he)需要(want)更高靈活性、更高性能、更大(big)存儲能力的(of)應用(use)場景。也廣泛的(of)應用(use)在(exist)現代藥物開發設計中，爲(for)人(people)類找出(out)戰勝病毒的(of)“武器”。